O bombeamento das águas do rio Tietê para o reservatório da UHE Henry Borden começou a indicar problemas ambientais. Estes problemas foram caracterizados principalmente devido à poluição, pois o reservatório recebia esgoto não tratado da crescente cidade de São Paulo. Devido a este problema, em Outubro de 1992, a operação desse sistema passou a atender a resolução que permitiu apenas o bombeamento das águas do rio Pinheiros para o reservatório com a função de controle de cheias. Este fato reduziu em aproximadamente 75% a energia produzida em Henry Borden, a qual opera com carga mínima de água capaz de gerar apenas 35 megawatts. A única possibilidade de retomada do funcionamento da usina com toda sua capacidade energética é a despoluição da represa, continuamente contaminada pelos esgotos do pólo industrial do ABC paulista, bem como dos rios Pinheiro e Tietê. Essas águas que anteriormente abasteciam a represa são agora desviadas para o Alto Tietê.

Em abril de 2006, o tribunal de Justiça de São Paulo condenou a Municipalidade de São Bernardo do Campo a pagar 15 mil reais e mais juros e correção monetária a cada um dos moradores que ocupavam a área de preservação do reservatório da UHE Henry Borden. Os moradores (cerca de 184 famílias), em sua maioria de baixa renda e com suas casas em geral em fase de construção, foram expulsos de forma violenta do bairro de Jardim por tratores da prefeitura de São Bernardo.

BILLINGS 2000: Ameaças e Perspectivas Para o Maior Reservatório de Água da Região Metropolitana de São Paulo. Instituto Sócio-Ambiental, 1999 (www.socioambiental.org)